По словам заведующего Югорской лабораторией археологии и этнологии СурГУ, кандидата исторических наук Александра Кенига, многотомная энциклопедия будет поделена на три больших раздела, которые отражают основные исторические периоды развития Югры. Каждый раздел (том) будет включать 3 книги, таким образом, все издание «Академической истории Югры» разместится на страницах 9 книг (3 томов).

Первый раздел академической истории будет посвящен доисторическому периоду Югры, второй раздел

сосредоточится на истории региона в горизонте между XI и началом XX века. Наконец, третий раздел охватит советский и современный период истории региона. 

Ожидается, что первые тома исследования будут выпущены не позднее 2020 года.